Перевод статьи

Комплексная картина интерактома локуса в составе х- инактивационного центра демонстрирует отталкивание когезина и конформацию РНК - направленной хромосомы .

Инактивированная Х-хромосома (Xi) служит моделью для понимания выключения генов в глобальном масштабе. В данной статье мы проводим "идентификацию прямого РНК взаимодействующих белков" (iDRiP), чтобы изолировать комплексный белковый интерактом для локуса в составе х- инактивационного центра ,РНК, необходимой для выключения х-хромосомы. Мы обнаружили несколько классов, в том числе интерактивированные когезины, кондезины, топоизомераз, РНК геликаз, модификаторы и различные вариации хроматина, которые синергически подавляют транскрипцию инактивированной х-хромосомы. Подавление двух или трёх посредников(интеракторов) дестабилизирует выключение. В то время как локус в составе х- инактивационного центра привлекает некоторых посредников, это отталкивает архитектурные факторы. Локус в составе х- инактивационного центра выселяет когезины из инактивированной Х-хромосомы, нацеливая на конформацию конкретных Х – инактивированных хромосом. По удалении локуса, инактивационная Х-хромосома приобретает Когезин и хромосомную архитектуру - обязательные для активной X-хромосомы. Наше исследование представляет много слоев репрессии х-хромосомы и демонстрирует центральную роль РНК в топологической организации хромосом млекопитающих.

Х-хромосома млекопитающих уникальна в своей способности перенести выключение всей хромосомы. На ранних сроках беременности у женского эмбриона, инактивация Х-хромосомы (XCI) позволяет млекопитающим достигнуть эквивалентности дозы гена между XX самки и XY самца (1-3). XCI зависит от Xist РНК, некодирующей РНК длиной 17-кб (lncRNA), выраженной только с неактивной Х-хромосомой (Xi) (4) и выполняющей выключение, мобилизуя репрессивные комплексы (5-8). В то время как инактивация х-хромосомы (XCI) в период развития инициируется только один раз, самка млекопитающего стабильно сохраняет инактивацию х-хромосомы в течение всей жизни. На зародышевой линии мышей делеция Xist на первой стадии ионной имплантации привела к летальному исходу из-за сбоя основания инактивированной х-хромосомы (9), в то время как линейно-специфическая делеция Xist вызывает летальный рак крови из-за неспособности поддержания х-хромосомы(10). Таким образом, и основание de novo и надлежащее поддержание инактивированной х-хромосомы имеют решающее значение для жизнеспособности и гомеостаза. Следовательно, существует две критических фазы XCI: (i) разовая фаза инициации в пери-имплантации эмбрионального развития, которая повторяется, дифференцируя в культуре клеток эмбриональные стволовые [ES] клетки, и (II) пожизненная фаза стабилизации, которая сохраняется во всех соматических линиях. Однажды созданная, инактивированная х-хромосома чрезвычайно устойчива и её трудно нарушить генетически и фармакологически (11-13). У мышей, X-реактивация запрограммирована только дважды: первый раз в бластоцисты, чтобы стереть отпечатанный XCI рисунок и второй раз в зародышевой линии до мейоза (14, 15). Хотя эпигенетическая стабильность инактивированной х-хромосомы является гомеостатическим активом, возможность раскрыть это эпигенетическое состояние представляет большое интерес. Х-хромосома является домом почти для 1000 генов и, по крайней мере, 50 из них вовлечены в Х-сцепленные заболевания, такие как синдром Ретта и синдрома Мартина-Белла (Сцепленный с Ломкой хромосомой Х). Х-хромосома - резервуар функциональных генов, которые могли бы быть использованы для замены аллеля в выраженной болезнью на активированном X (Xa). Более углубленное понимание репрессий Х-хромосомы даст много информации и об основных биологических механизмах и для лечение х-сцепленных заболеваний. Считается, что локус в составе х-инактивационного центра РНК выключает Xi через сложные соединения белковых партнеров. Серьезным пробелом в нынешнем понимании является отсутствие комплексной картины интерактома локуса в составе х-инактивационного центра. Несмотря на многочисленные попытки определить полную картину интерактома, за последние два десятилетия были выявлены только четыре взаимодействующие непосредственно партнера, включая PRC2, ATRX, YY1 и HNRPU. Polycomb репрессивный комплекс 2 (PRC2) – это цель для локуса в составе х-инактивационного центра РНК инактивационной х-хромосомы; хеликаза ATRX РНК требуется для конкретной связи между Xist и PRC2 (16, 17); YY1 привязывает Xist-PRC2 комплекс к зародышу х-хромосомы (18); и фактор ядерного матрикса, HNRPU / SAF, дает устойчивое объединение Xist с хромосомной территорией (19). Много дополнительных взаимодействующих партнеров находятся в ожидании, учитывая большой размер Xist РНК и ее многочисленные консервативные модульные домены. Здесь мы разрабатываем новый протеомный метод на основе РНК и реализовываем объективный экран для полного интерактома XIST. Мы определили большое количество кандидатов с высокой вероятностью, показывающих, что возможно, дестабилизировать репрессии инактивированной х-хромосомы путем ингибирования нескольких взаимодействующих компонентов, а затем проникнуть в сфокусированный набор посредников с когезинами.

РЕЗУЛЬТАТЫ

iDRiP устанавливают несколько классов X инактивированно-взаимодействующих белков

Систематическое выявление взаимодействующих факторов было сложным из-за большого размера Xist , ожидаемой сложности интерактома, и сохраняющейся проблеме высокого фона с существующими биохимическими подходами (20). Высокий фон может быть особенно проблематичным для химических кросслинкеров, которые создают обширные ковалентные сети белков, которые, в свою очередь могут быть маскировкой конкретных и прямых взаимодействий. Поэтому мы разработали iDRiP (идентификация прямых РНК взаимодействия белков) с помощью кросслинкера нулевой длины, УФ-свет, чтобы реализовать объективный экран непосредственно взаимодействующих белков в фибробластах у самок мышей, экспрессирующих физиологические уровни Xist РНК (рис. 1А). Мы провели УФ сшивание подготовленного ядра и растворимого хроматина ДНКазы I пищеварения в естественных условиях. Xistспециальные комплексы получены с помощью 9 дополнительных олигонуклеотидных зондов, распределенных по 17 т.н. РНК с длиной зонда 25-NT, которая обеспечивает высокий захват РНК при одновременном снижении неспецифической гибридизации. Комплексы отмывали в денатурирующих условиях для ликвидации факторов, не связанных ковалентно с УФ до Xist РНК. Чтобы свести к минимуму фон от ДНК-связанных белков, ключевым шагом стало включение обработки ДНКазы I до элюирования комплексов (см Дополнительные Обсуждения). Наблюдается значительное обогащение Xist РНК при излишке цитоплазмы и ядерных РНК (U6, JPX, 18S рРНК) в элюатах женских фибробластов (рис. 1В). Обогащение не наблюдалось в элюатах или люциферазах зондов захвата самцов. Элюированные белки подвергали количественной масс-спектрометрии (МС) со спектральным подсчетом (21) и мультиплексированной количественной протеомикой (22), получая аналогичные обогащенные наборы (таблица S1). Три независимых повтора iDRiP-МС выявили большое Xist белкового интерактома (рис. 1C и таблица S1). Восстановление известных Xist посредников, PRC2, ATRX и HNRPU, было обеспечено первой проверкой способа iDRiP. Также были восстановлены макрогистоны: Н2А (mH2A), RING1 (PRC1), и компонент кондензина, SmcHD1-белки, обогащенные Xi (19, 23, 24), но ранее не было показано непосредственное их взаимодействие с Xist.

Было обнаружено, что по сравнению с фоновой, более 80 белков обогащены ≥3 раза; более 200 белки ≥2 раза (таблица S1). Во многих случаях, было выявлено несколько субъединиц эпигенетического комплекса, что повысило нашу уверенность в том, что они являются посредниками (интерактами). Мы проверили выбранные взаимодействия, выполняя тест взаимности: приманивая белки-«кандидаты» в захват антитела, RIPqPCR УФ-сшитых клеток взаимно определили Xist РНК в преобразованиях (рис. 1D). Вызванное на основе высокообогащенных показаталей, наличие нескольких субъединиц внутри «кандидат» эпигенетического комплекса и испытаний взаимности, новые наиболее вероятные проводники распадаются на несколько функциональных категорий: (i) Когезин сложных белков, SMC1a, SMC3, Rad21, WAPL, PDS5a / б, а также CTCF (25), которые вместе участвуют в хромосоме перекручивания (26-28); (II) модификаторы гистонов, такие как Аврора киназы B (AURKB), серин / треонин киназы, который фосфорилирует гистон H3 (29); RING1, каталитическая субъединица Polycomb репрессивного комплекса 1 (PRC1) для H2A-K119 убиквитилирования (23); и SPEN и RBM15, которые связывают с HDACs; (III) факторы SWI / SNF хроматина; (IV) топоизомеразы, TOP2a, TOP2b и TOP1, которые освобождают напряжение кручения при транскрипции и репликации ДНК; (v) прочие регуляторы транскрипции, MYEF2 и ELAV1; (VI) нуклеоскелетные белки, которые прикрепляют хромосомы к ядерной оболочке, SUN2, Ламин-B рецептор (LBR), и LAP2; (VII) ядерных матричных белков, hnRPU / SAF-А, hnRPK и MATRIN3; и (VIII) ДНК-метилтрансферазы, DNMT1, известный в качестве поддерживающей метилазы для CpG динуклеотидах (30). Для изучения их функций, мы впервые сделали РНК иммуно-флуоресцентной нерадиоактивной гибридизацией in situ женских клеток и наблюдали несколько моделей х-хромосомы покрытия по отношению к окружающей нуклеоплазме (рис. 1E). PRC2, RING1 (PRC1) как было показано, были обогащены на Xi (23) и, следовательно, не действовали больше. TOP1 и TOP2a / б появились ни обогащенными, ни истощёнными на х-хромосоме (100%, п> 50 ядер). AURKB показал две модели обогащения локализации-пери-ориентированных (20%, N> 50) и более диффузную картину локализации (80%, данные не показаны), в соответствии с его клеточным циклом, зависимым от хромосомной локализации (29). С другой стороны, в то время как SUN2 был исчерпан на х-хромосоме (100%, N = 52), он часто выступал как ориентир рядом с х-хромосомой и в 7 день дифференциации женских ЭС клетки (фазы установления; 44%, N = 307), так и в фибробласты (поддерживающая фаза; 38,5%, п = 52), в соответствии с функцией SUN2 привязывать теломеры к ядерной оболочке. Наконец, когезины и модификаторы SWI / SNF неожиданно показали истощение по отношению к окружающей нуклеоплазме (100%, п = 50-100). Эти модели предполагают, что XIST проводники работают в различных путях XCI. Что будет если факторы, пересекают путь PRC2? В этих случаях мы стабильно сбивали (КД) лучших кандидатов, используя shRNAs (таблица S2) и выполняли РНК immunoFISH, чтобы изучить триметилирование гистона H3-лизин 27 (H3K27me3) (рис. 2, А и Б). Несущественные изменений в Xist локализации или H3K27me3 не были очевидны в d7 ES клеток (рис. S1). Однако, там были долгосрочные последствия в фибробластах: снижение в H3K27me3, обогащения shSMARCC1 и shSMARCA5 клеток (. Рис 2, А и В) показывает, что SWI / SNF взаимодействие с Xist необходима для надлежащего технического обслуживания функции PRC2 на инактивной х-хромосоме. Устойчивое состояние уровней XIST не изменялось более чем в 2 раза (рис. 2С) и поэтому вряд ли будет причиной дефекта Поликомбов. Нокдауны других факторов (когезинов, топоизомераз, SUN2, AURKB) не имели никаких очевидных эффектов от Xist локализации и H3K27me3. Таким образом, в то время как факторы, SWI / SNF пересекают PRC2 путь, другие проводники не открыто воздействуют на PRC2.

Xi-реактивация с помощью прицельного подавления синергических проводников

Учитывая большое количество проводников, мы создали экран, чтобы проанализировать воздействие на экспрессию генов Xi. Мы рассчитали линии клоновых фибробластов укрывающих трансгенный GFP, выступающий на х-хромосоме(рис. S2) и коротких молекулах RNA против Xist интеракторов. Нокдаун любого интерактора не реактивирует GFP более чем в 4раза (рис 3А, shControl + нет;.. Рис S3A). Подозревая синергетические репрессии, мы ориентировались на несколько путей с использованием комбинации препаратов. Чтобы поразить DNMT1, мы использовали малую молекулу, 5'-азацитидин (AZA) (30) на нетоксичной концентрации 0,3 мкМ (≤IC50), которая минимально реактивировала GFP (рис. 3А, shControl + аза). Чтобы поразить таргетинг на TOP2a / б (31), мы использовали этопозид (ето) в 0,3 мкм (≤IC50), который также минимально реактивировал GFP (рис. 3А, shControl + ето). Сочетание 0,3 мкМ аза + ето привело к 80 - 90-кратной реактивации - уровня, который является почти половиной от уровней GFP(зеленый флуоресцентный белок) на Ха (Ха-GFP, рис. 3А), предполагая, сильную синергию между DNMT1 и TOP2 ингибиторов. Использование аза + ето, как сенсибилизирующих факторов, мы разработали комбинации трех препаратов включительно в коротких молекулах RNA для белков, которые не имеют никаких конкретных низкомолекулярных ингибиторов. В различных аза + ето комбинациях коротких молекул RNA +, мы достигли нескольких уровней реактивации GFP (максимальный - 230-кратный уровень), которые либо равны, либо превышают уровни Ха-GFP (рис. 3А). Самые впечатляющие эффекты наблюдались для комбинаций с использованием коротких молекул SMARCC2 (227x), коротких молекул SMARCA4 (180x), и коротких молекул RAD21 (211x). Короткие молекулы TOP1 и CTCF были также эффективны (175x, 154x). Комбинации с участием оставшихся интеракторов дали уровни реактивации от 63 до 94 - кратности. Затем мы выполнили аллель-специфическую пошаговую РНК, чтобы исследовать родные гены х-хромосомы. В гибрид F1 линии фибробластов, в которой находится инактивированная х-хромосома одного подвида мыши (mus) и активированная х-хромосома другого подвида мыши (CAS) ,> 600000 Х-сцепленные последовательности полиморфизмов создают условия аллель-специфических сигналов (32). Два биологических повтора каждого из наиболее перспективных методов лечения трех препаратов показали хорошую корреляцию (фиг. S4-S6). РНК-анализ показал, пошаговую реактивацию 75-100 XI-специфических генов в одной репликации (рис. 3В) и до 200 во второй репликации (рис. S3B), представляющий большую часть выраженных х-сцепленных генов, учитывая, что только ~ 210 Х-сцепленных генов имеют FPKM≥1.0 в этой гибридной линии фибробластов. Анализ тепловой карты показал, что для отдельных генов Xi, уровни реактивации находятся в диапазоне от 2х до 80х для различных комбинаторных методов лечения (рис. 3в). Наблюдался чистый прирост на уровне экспрессии гена (ΔFPKM) от инактивированной х-хромосомы образцом, обработанных тройным препаратом в соотношении: контрольное число коротких молекул + аза + ето, в то время как Ха и аутосом не показали очевидное чистое увеличение, тем самым предлагая предпочтительное воздействие на х-хромосому обусловленное таргетированием синергетических компонентов интерактома локуса в составе х- инактивационного центра. Реактивация не была специфической ни в одной области инактивированной х-хромосомы (рис. 3D). Наиболее эффективными были комбинации лекарств shRAD21, shSMC3, shSMC1a, shSMARCA4, shTOP2a и shAURKB. Генная экспертиза подтвердила возросшую представленность мышиных специфических тэгов (красных) в соотношении к контрольному числу коротких молекул (рис. 3Е). Такие аллельные эффекты не наблюдались на импринтинговых (тисненых) локусах и других аутосомных генах (рис. S7), что приводит к предположению о хi-специфичных аллельных эффектах. Набор реактивированных генов варьировался, в зависимости от медикаментозного лечения, хотя некоторые гены (Rbbp7, G6pdx, FMR1 и т.д.) оказались более склонны к реактивации. Таким образом, инактивированная х-хромосома поддерживается сложной системой синергических последовательностей и гены инактисированной х-хромосомы могут быть возобновлены преимущественно путем охвата двух или более синергический XIST проводников.

Xist взаимодействие приводит к отталкиванию когезина. Для исследование этого механизма, мы сосредоточились на одной группе интеракторов - когезины, потому что они были среди высоко достоверных попаданий и их нокдауны неизменно дестабилизировали репрессию инактивированной х-хромосомы. Чтобы получить обязательные модели Xa и Xi, мы провели аллель-специфическую пошаговую иммунопреципитация хроматина для двух субъединиц Когезина: SMC1a и Rad21; и для CTCF, который работает вместе с когезинами (28) 33-35. В клетках дикого типа, CTCF связывание обогатилось на Ха (одного вида мыши), но также показали ряд xi (другого вида) специфических сайтов (местоположение точковой мутации) (рис. 4а) (25, 36). Аллельные отношения колебались от цельных до почти полного перекоса Ха или Xi (рис. 4А). Для когезинов, 1490 SMC1a и 871 Rad21 сайты связывания локализовались в общей сложности на ChrX (Х-хромосоме), из которых аллельные сигналы могут быть сделаны на ~ 50% сайтов (рис. 4, б и в). В то время как Ха и Хi , каждая показали значительные возможности связывания когезина, Xa- специфичные сайты намного превосходят Xi-специфичные сайты. Для SMC1a 717 сайтов были привлечены на Ха, из которых 589 были Ха-специфичны; 203 сайтов были привлечены на Xi, из них 20 были Xi -специфичны. Для Rad21 476 сайтов были привлечены на Ха, из которых 336 были Ха-специфичны; 162 сайтов были привлечены на Xi, из которых 18 были Xi -специфичны. Биологические повторы показали аналогичные тенденции (рис. S8, а и б). Предпочтение Когезином Ха было неожиданным в свете физического взаимодействия XIST с когезинами - взаимодействия предполагавшего, что Xist может набирать когезины в Хi. Поэтому мы условно удалили XIST из Xi (XiΔXist) и провели повторный пошаговый анализ фибробластов XiΔXist / XaWT (37). Удивительно, XiΔXist приобрела 106 SMC1a и 48 Rad21 сайтов в СНГ, в положениях, которые ранее были Ха-специфичны (рис. 4, С и D). Биологические повторы отклонялись аналогично (рис. S8 и S9). Почти во всех случаях, приобретенные сайты представляли собой восстановление сайтов Xa, а не были связаны с произвольной позицией. В отличие от этого, участки, которые ранее были Xi -специфичны остались нетронутыми (рис. 4, С и Е, а на фиг. S8B), это предполагает, что они не требуют XIST на их содержание. Изменения в плотности пиков в когезине были Xi -специфичными и значительными (рис. 4F). Восстановление когезина произошло на протяжении XiΔXist, в результате в областях биаллельных связываний (рис. 4G и фиг. S10-S12), и в часто предпочитаемых регионах, которые укрывают гены, ускользающие от XCI (например, BGN) (38, 39). Были также сдвиги в CTCF связывании, более заметной на локус-специфическом уровне, чем на уровне хромосомном (рис. 4, А и С), предполагается, что CTCF и когезины не обязательно находятся вместе на Xi. Наблюдаемая динамика была Х-хромосомноспецифична и не наблюдалась на аутосомах (рис. S13). Чтобы определить, были ли восстановлены горячие точки, мы построили восстановленные SMC1a и Rad21 сайты (рис 4H;. Фиолетовый) на XiΔXist и наблюдали кластеризацию в генно- богатых регионах. Мы пришли к выводу, что Xist не набирает когезины к Xi-специфичным сайтам. Вместо этого, Xist активно отталкивает когезины в цис-положение, чтобы предотвратить создание шаблона Xa.

Xist РНК направляет Xi-специфическую хромосомную конформацию

Когезины и CTCF, как уже было показано, чтобы облегчить формирование крупных хромосомных доменов, называются TADs (топологически связанные домены) (27, 28, 34, 35, 40- 42). Функция TADs в настоящее время не понята, так как TADs в значительной степени инвариантны по развитию. Тем не менее, сцепленные с Х-хромосомой домены – исключение из этого правила, и поэтому они являются убедительными моделями для изучения функции топологических структур (43-46). При проведении аллель-специфической Hi-C(фиксации конформации генома), мы задались вопросом: изменит ли восстановление когезина хромосомную архитектуру XiΔXist. Во-первых, мы обнаружили, что, в клетках дикого типа, наши TADs призвали автосомный контактные генетические карты на 40 т.н., чьё разрешение напоминало опубликованных (изданных) композитных (неаллельных) карт (27) (рис. 5а, нижняя). Наши хромосомные карты соприкосновения были также сопоставимы с TADs, которые будучи менее отчетливыми, в связи с суммированием Ха и Xi, изучается в композитных профилях (рис. 5А, вверху). Используя 44% считанного с аллельной информации, наш аллельный анализ дал высококачественные контактные карты разрешения 100 т.н. - путем сочетания повторов (рис. 5В и рис. S14A), или разрешение 200 т.н. с одной репликации. В клетках дикого типа, мы вывели 112 TADs разрешения 40 т. н. на х-хромосоме с использованием метода Диксона и др. (27). Мы попытались привлечь TAD для Xi на 100 т.н. контактной карты, но не смогли получить очевидные TADs, предполагая, что 112 TADs присутствуют только на Ха. Xi была разделена на два мега-домена в зоне DXZ4 (рис. S14A) (46) .Таким образом, в то время как Ха топологически организована в структурированные домены, то Xi лишена таких Мега–баз - масштабных структур по всей ее длине. Когда Xist был удалён, TADs были восстановлены в цис и Xi восстановилась подобно конформации Xa(рис. 5B и фиг. S14B). В мутантных клетках, около 30 TADs были получены на XiΔXist при каждой биологической репликации. Там где были восстановлены TADs, модели XiΔXist (красные) стали почти идентичны модели Ха (синяя), с аналогичными частотами взаимодействия. Эти XiΔXist регионы в настоящее время мало походили на клетки дикого типа Xi (XiWT, оранжевый). В целом, разница в средних оценках взаимодействия между XiWT и XiΔXist была очень существенной (фиг. 5С и фиг. S15A). Пересекающиеся TADs с участка SMC1a на XiΔXist показали, что 61 восстановленных участков когезина перекрываются восстановленными TADs (61 не перекрывал). В общем, восстановленные участки когезина попадались как в TADs и в границах TAD . TADs, перекрывающие восстановленные пики, обладали более увеличенными показателями во взаимодействиях, чем другие TADs (рис. 5D и рис. S15B), и мы наблюдали отличную корреляцию между восстановленными участками когезина и восстановленными TADs (рис. 5E и рис. S15C), в соответствии с ролью когезинов в восстановлении TADs, следующих за удалением Xist. Взятые вместе, эти данные раскрывают роль РНК в установлении топологических доменов хромосом млекопитающих и продемонстрировали, что Xist должен активно и постоянно давать отпор когезинам из Xi, даже во время поддерживающей фазы, чтобы предотвратить формирование хромосомной архитектуры Xa.

ОБСУЖДЕНИЕ

Используя iDRiP(выявление прямых взаимодействующих белков РНК), мы определили комплексную Xist интерактома и показали несколько синергетических путей Xi репрессии (рис. 6). С Xist физически контактируют 80-250 белков в любой момент времени, то Xist рибонуклеопротеидная частица может быть так же велика, как рибосома. Наше исследование поддерживает модель, в которой Xist РНК одновременно действует как (I) матрикс для набора репрессивных комплексов (например, PRC1, PRC2, ATRX, mH2A и SmcHD1) для установления и поддержания неактивного состояния; и, как (II) механизм отталкивания, чтобы выдавливать архитектурные факторы, такие как когезины во избежание приобретения благоприятной транскрипции для конформации хроматина. Без Xist, когезины вернуться на их базовое связывающее положение на Xa. Отталкивание может быть основано на выселении, Xist выпускает когезины, как бы выдавливает их, или на поглощения, Xist укрывает когезины, чтобы предотвратить связывание Xi. Наше исследование показывает, что Xi таит три типа участков когезина: (I) Xi-специфичные участки, которые не зависят от Xist; (II) биаллельные участки, которые также независимы от Xist; и (III) Xa-специфичные участки, многие из которых не могут быть установлены на Xi из-за активного отталкивания по Xist. Участки I и III типа скорее объясняют парадоксальное наблюдение, что, с одной стороны, слой когезинов приводит к Xi реактивации,а с другой стороны, потери Xist-опосредованного набора когезина приводит к Ха-подобной хромосомной конформации, что позволяет транскрипцию. В сущности, модулирующие Тип I и Тип III сайты оба имеют эффект дестабилизации Xi, превращая Xi более доступным для транскрипции. Нарушая сайты типа I нокдаун когезина мог бы изменить репрессивную структуру Xi , в то время как абляция Xist могла бы восстановить сайты типа III, которые способствуют конформацию типа Ха. Наше исследование было сосредоточено на когезинах, но РНК-опосредованное отталкивание может быть результатом других Xist интеракторов и может превалировать (распространяться) в эпигенетическом механизме также, как РНК-опосредованный набор (47). Трудность выключения Xi продемонстрирована тем фактом, что мы дестабилизировали Xi только после фармакологического целевого воздействия двух или трех различных путей. Тот факт, что различные вариации трех препаратов вызывают разные реактивации локусов и глубины дерепрессии, создает возможность лечения Х-сцепленных заболевания в локус-специфическим способом, путем введения уникальных комбинаций препаратов. Учитывая существование многих других связанных с заболеванием lncRNAs, техника iDRiP может применяться систематически на выявление новых лекарственных препаратов для других заболеваний и в целом для выяснения механизмов эпигенетической регуляции по lncRNA.

Перевод: Ксения Болтинова. Православная гимназия г. Кемерово, учитель английского языка.

17.09.2015 09:00